旧金山市与县在旧金山湾区里，常被在地理和文化上被列为自己的一个项目里当地经常简称它为“TheCity旧金山与它的邻居在北方、东方、和西方被水隔开，在以行政区线分开。旧金山是旧金山湾区长久以来的文化、财经、和都市中心。在湾区历史的很长一段时间里，旧金山也是湾区的主要人口聚集地。但因为市地不大（47平方英里，城市人口密度是美国的第二高，仅次于纽约市），限制了人口成长，于是自1906年旧金山大地震后，附近其他县和城市接收了大部分的人口增长。

旧金山湾南端，硅谷中心地带，主要城市为SanJose圣何西圣拉客（SantaClara）、桑尼维尔（Sunnyvale）、库泊蒂诺（Cupertino）、密必达（Milpitas）、Gilroy。 湾区内有四个世界级的研究型大学，它们是： 斯坦福大学和加利福尼亚大学伯克利校区，以及加利福尼亚大学戴维斯校区、加利福尼亚大学旧金山校区等。 湾区内有五个国家级研究实验室，它们是： 航空航天局艾姆斯（Ames）研究中心、农业部西部地区研究中心、斯坦福直线加速器中心、能源部劳伦斯·利弗莫尔国家实验室、能源部劳伦斯·伯克利国家实验室等。